Pendant longtemps, le cancer a été appréhendé comme une maladie évoluant par étapes successives, sous l'effet d'altérations dynamiques du génome conduisant à la transformation maligne des cellules normales. Au cours des deux dernières décennies, cette vision s'est profondément enrichie : il est désormais établi que l'infiltrat immunitaire local participe activement à la modélisation des tumeurs. Les premières investigations ont montré que certaines sous-populations immunitaires infiltrant les tumeurs, en particulier les lymphocytes T cytotoxiques et les lymphocytes T mémoire, sont significativement associées à la survie des patients. Le contexte immunitaire intratumoral — défini par le type, l'orientation fonctionnelle, la densité et la localisation des cellules immunitaires — apparaît ainsi comme un déterminant majeur du devenir clinique.
Pour décrire avec précision ces dynamiques tumeur-immunité, les auteurs ont intégré et analysé de multiples jeux de données génomiques et protéomiques hétérogènes, issus à la fois de leurs propres travaux et de bases publiques, en explorant en profondeur le microenvironnement de larges cohortes de patients atteints de cancer colorectal. Une première étape déterminante a consisté à standardiser l'analyse de l'infiltrat immunitaire. À partir de jeux de données portant sur des sous-populations purifiées de cellules immunitaires innées et adaptatives, comparées à des échantillons de côlon normal distant et de cellules cancéreuses colorectales, les auteurs ont sélectionné les profils transcriptionnels les plus distinctifs de chaque type cellulaire. Ce compendium, baptisé Immunome, constitue une référence permettant d'identifier les cellules immunitaires dans des tissus complexes, sains ou pathologiques. Son application au microenvironnement des tumeurs colorectales a permis de proposer le premier paysage immunitaire des tumeurs, illustrant les densités immunitaires quantifiées au centre et à la marge invasive de la tumeur ainsi que leurs variations selon le stade.
L'Immunome est depuis largement repris pour caractériser l'infiltrat immunitaire dans de nombreux cancers et d'autres maladies, et a notamment été intégré à l'analyse immunogénomique pan-cancer des données du Cancer Genome Atlas, qui a mis en évidence six sous-types immunitaires stables associés au pronostic et à des altérations génétiques et immunomodulatrices. À partir des marqueurs cliniquement les plus pertinents, ceux des lymphocytes T et T cytotoxiques, a été élaboré un système de cotation, l'Immunoscore consensus, premier test standardisé reconnu à l'échelle internationale pour quantifier l'immunité préexistante, validé avec le concours de la Society for Immunotherapy of Cancer. Les patients présentant un Immunoscore élevé affichent le plus faible risque de récidive à cinq ans, et cet indicateur surpasse la classification TNM classique pour prédire le devenir clinique.
Reconnue comme une caractéristique à part entière du cancer, la composante immunitaire du microenvironnement tumoral a ainsi acquis une portée diagnostique concrète. L'Immunoscore consensus a été introduit comme critère diagnostique essentiel et souhaitable pour le cancer colorectal dans la cinquième édition de la classification OMS des tumeurs digestives, ainsi que dans les recommandations de pratique clinique de l'ESMO de 2020 et 2021, afin d'affiner le pronostic et d'ajuster les décisions de chimiothérapie.