Makromolekulare Komplexe, jene stabilen Zusammenlagerungen aus mehreren Polypeptidketten, bilden die Maschinerien, die einen Großteil der zellulären Prozesse steuern und regulieren. Sie bringen Moleküle zusammen, die an derselben Funktion beteiligt sind, strukturieren ungeordnete Bereiche von Proteinen oder schaffen neue Bindungsstellen an den Grenzflächen zwischen Untereinheiten. Bislang wurden die spezifischen Kataloge dieser Komplexe jedoch entweder nur unregelmäßig gepflegt oder Eintrag für Eintrag aus einzelnen Artikeln zusammengestellt, statt auf konsolidiertem Wissen zu beruhen. Das Complex Portal wurde entwickelt, um diese Lücke zu schließen: Es handelt sich um eine enzyklopädische, vollständig manuell kuratierte Datenbank, die Zusammensetzung, Topologie und Funktion der bekannten makromolekularen Komplexe bei mehreren Modellorganismen verzeichnet und sie mit spezialisierten Ressourcen wie wwPDB, EMDB und Reactome verknüpft.
Seit der vorangegangenen Aktualisierung im Jahr 2019 hat sich die Abdeckung deutlich erweitert. Die Autoren erstellten einen ersten Entwurf des Komplexoms von Escherichia coli und pflegten und erweiterten zugleich jenes von Saccharomyces cerevisiae, in dem Maße, wie neue experimentelle Daten nach und nach bislang unbekannte Zusammenlagerungen identifizieren. Als Reaktion auf die SARS-CoV-2-Pandemie wurden mehr als vierzig Coronavirus-Komplexe hinzugefügt. Das humane Komplexom umfasst inzwischen über 1100 Komplexe, von denen etwa 200 als Ziele viraler Proteine dienen oder am Immunsystem beteiligt sind. Zum Zeitpunkt der Version 241 (Oktober 2021) waren 3572 Komplexe aus 26 Spezies kuratiert worden.
Im Hinblick auf die Werkzeuge wurde die Darstellung von Proteinmerkmalen im ComplexViewer verbessert, um mehrere Eigenschaften gleichzeitig anzuzeigen und die Verbindungen zwischen Teilnehmern von Subkomplexen zu visualisieren; die Teilnehmertabelle verwendet nun einen Farbcode, der mit den Knoten des Visualisierers übereinstimmt. Das Format ComplexTab wurde um eine Spalte erweitert, die ausschließlich UniProt-Kennungen enthält. Auch die Kooperationen mit der Gemeinschaft wurden ausgebaut: Beitrag zu einer groß angelegten Analyse mutmaßlicher Transkriptionskofaktoren, Entwicklung eines Bots, der Wikidata mit den kuratierten Inhalten des Complex Portal befüllt, um sie den Werkzeugen des semantischen Webs zugänglich zu machen, sowie Integration der Einträge als neue Ontologie in die ClueGO-Anwendung von Cytoscape für Anreicherungsanalysen. Diese Integration in Wikidata, die im Rahmen eines dem COVID-19 gewidmeten Hackathons begonnen wurde, ermöglichte es, die Kennungen der Komplexe direkt mit den Projekten WikiPathways und COVID-19 Disease Map zu verknüpfen.
Schließlich wurde die Lizenz der Daten auf CC0 umgestellt, um ihre Weiterverwendung zu fördern. Die Arbeiten konzentrieren sich nun auf die Fertigstellung einer ersten Version des humanen Komplexoms, mit besonderem Augenmerk auf den Komplexen des Immunsystems, sowie auf die Entwicklung von Import-Pipelines aus PDBe, um die Kuration zu beschleunigen. Die Autoren laden die Nutzer ein, ihre Rückmeldungen und Kurationsanfragen über die Support-Seite zu übermitteln.