Au-delà des immunoglobulines circulantes, les lymphocytes B mémoire constituent une seconde ligne de défense immunitaire contre le SARS-CoV-2, responsable de la COVID-19. Ces cellules peuvent en effet être rapidement mobilisées lors d'une réexposition au virus et donner naissance à des cellules sécrétrices d'anticorps. Toutefois, la qualité de cette mémoire B après vaccination à ARN messager restait mal caractérisée, en particulier la distinction entre les personnes n'ayant jamais rencontré le virus et celles ayant guéri d'une infection antérieure. Cette question est d'autant plus importante que l'émergence de variants préoccupants menace l'efficacité des anticorps initialement induits.
Pour y répondre, les auteurs ont suivi des cohortes longitudinales de sujets naïfs et de sujets convalescents pendant une période allant jusqu'à deux mois après la vaccination. La qualité de la réponse mémoire a été évaluée par l'analyse des répertoires d'anticorps, par la mesure de leur affinité et par leur capacité de neutralisation vis-à-vis des variants préoccupants. Ces analyses ont reposé sur la culture, sans biais de sélection, de 2 452 lymphocytes B mémoire, complétée par le séquençage des chaînes lourdes d'immunoglobulines, la mesure d'affinité par interférométrie en couche biologique et des tests de neutralisation virale par réduction de foyers infectieux contre plusieurs variants, dont les lignages B.1.1.7, B.1.351, P.1, B.1.617.1 et B.1.617.2.
Chez les sujets convalescents, la dose vaccinale a entraîné une expansion sélective du compartiment B mémoire, une maturation supplémentaire de ces cellules et l'apparition de neutralisateurs puissants dirigés contre les variants, le tout en préservant la diversité du répertoire. Chez les sujets naïfs, la réponse sérique neutralisante envers les variants s'est révélée plus faible. Pour autant, la moitié des lymphocytes B mémoire spécifiques du domaine de liaison au récepteur présentaient une forte affinité envers plusieurs variants, y compris le variant delta (B.1.617.2), et un tiers conservaient une activité neutralisante contre le variant beta (B.1.351). La cartographie des résidus impliqués dans la liaison, déduite du profil de sensibilité aux mutations des différents variants, a permis de relier ces clones à des positions clés du domaine de liaison au récepteur, telles que K417, N501, E484 et L452.
Ces travaux montrent ainsi que, même en l'absence d'une neutralisation sérique robuste contre les variants, la vaccination des personnes naïves génère un réservoir de lymphocytes B mémoire de haute affinité reconnaissant l'ensemble des variants préoccupants étudiés. Les auteurs suggèrent qu'une stimulation supplémentaire chez ces vaccinés naïfs pourrait rappeler ces cellules mémoire maturées et leur permettre de répondre efficacement aux variants.