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Biologie moléculaire

La biologie moléculaire s’intéresse aux acides nucléiques et à l’expression des gènes : lire, modifier et contrôler l’information génétique pour comprendre une fonction biologique ou corriger une anomalie. Édition du génome, séquençage de l’ARN et thérapie génique en ont fait l’un des moteurs les plus dynamiques de la recherche biomédicale.

C’est l’approche la plus mobilisée par Inovarion. Le séquençage de l’ARN (RNA-seq) y est omniprésent pour mesurer l’expression des gènes à l’échelle du transcriptome. L’édition du génome par CRISPR-Cas9 et l’interférence CRISPRi, y compris sous forme de criblages à l’échelle du génome, permettent de valider systématiquement la fonction d’une cible. Les vecteurs AAV servent aussi bien d’outils d’expression que de supports de thérapie génique. La génération de modèles génétiquement modifiés — knock-out, knock-in, transgéniques, doubles knock-out — s’appuie sur le clonage, la mutagenèse, la qPCR et la RT-qPCR, et des gènes rapporteurs tels que la nanoluciférase sécrétée. L’étude de la régulation génique mobilise enfin l’analyse de la chromatine : ChIP-seq, ATAC-seq, CUT&Tag et 4C-seq.

Ces outils sous-tendent une grande part des résultats du corpus. Le laboratoire a participé à la validation de cibles par criblage CRISPR-Cas9, comme la méthyltransférase SETDB1 dans le mélanome uvéal[2], et à la dissection de la régulation du locus DLK1/DIO3 par un enhancer dépendant de la β-caténine dans la tumorigenèse hépatique[4]. Sur le versant thérapeutique, les vecteurs AAV ont porté des approches de thérapie génique dans l’hémophilie, la dystrophie de Duchenne[1] et la maladie de von Willebrand. La transcriptomique et les modèles génétiquement modifiés irriguent par ailleurs la quasi-totalité des aires, de l’oncologie aux maladies métaboliques. Ces travaux ont paru dans des revues telles que Molecular Therapy et Nucleic Acids Research.

La biologie moléculaire est aussi le point de départ naturel de l’analyse bio-informatique : les données de séquençage qu’elle génère sont ensuite décodées par les équipes de bio-informatique d’Inovarion. Cette continuité, de la paillasse à l’analyse, est l’un des atouts du modèle d’Inovarion. Édition du génome, séquençage et vectorologie soutiennent ainsi les projets des partenaires, de la validation d’une cible à la preuve de concept thérapeutique.

Voir aussi : Single-cell RNA-seq ; RNA-seq « bulk » & transcriptomique différentielle ; CRISPR & génomique fonctionnelle ; ChIP-seq & épigénomique.

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Publications représentatives

  1. Forand et al. Long-Term Dystrophin Replacement Therapy in Duchenne Muscular Dystrophy Causes Cardiac Inflammation. JACC Basic Transl Sci, 2025. Fiche → · PubMed
  2. Krossa et al. SETDB1 is critically required for uveal melanoma growth and represents a promising therapeutic target. Cell Death & Disease, 2025. PubMed
  3. McCluskey et al. A fully humanized von Willebrand disease type 1 mouse model as unique platform to investigate novel therapeutic options. Haematologica, 2025. Fiche → · PubMed
  4. Sanceau et al. DLK1/DIO3 locus upregulation by a β-catenin-dependent enhancer drives cell proliferation and liver tumorigenesis. Molecular Therapy, 2024. Fiche → · PubMed
  5. Traoré et al. GDF5 as a rejuvenating treatment for age-related neuromuscular failure. Brain, 2024. Fiche → · PubMed
  6. Hidaoui et al. Targeting heterochromatin eliminates chronic myelomonocytic leukemia malignant stem cells through reactivation of retroelements and immune pathways. Commun Biol, 2024. Fiche → · PubMed
  7. Deschamps et al. CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia. J Clin Invest, 2024. Fiche → · PubMed
  8. Shi et al. FGFR3 Mutational Activation Can Induce Luminal-like Papillary Bladder Tumor Formation and Favors a Male Sex Bias. European Urology, 2023. Fiche → · PubMed
  9. Chappert et al. Human anti-smallpox long-lived memory B cells are defined by dynamic interactions in the splenic niche and long-lasting germinal center imprinting. Immunity, 2022. Fiche → · PubMed
  10. Huang et al. The corepressors GPS2 and SMRT control enhancer and silencer remodeling via eRNA transcription during inflammatory activation of macrophages. Molecular Cell, 2021. Fiche → · PubMed