Les maladies infectieuses regroupent les pathologies dues à des agents bactériens, viraux ou parasitaires, des infections chroniques aux menaces émergentes comme la COVID-19. La recherche y conjugue la compréhension des mécanismes de l’infection, l’étude de la réponse immunitaire de l’hôte et les stratégies de prévention, dans un contexte de résistance croissante aux antimicrobiens.
Les travaux auxquels Inovarion a contribué dans ce domaine s’organisent autour de deux ensembles. Le premier concerne l’immunité antivirale et la mémoire immunitaire. Inovarion a participé à l’étude de la maturation et de la persistance de la réponse des lymphocytes B mémoire dirigée contre le SARS-CoV-2[6], ainsi qu’à l’analyse de la vaccination à ARN messager et de sa capacité à reconnaître les variants viraux[5]. D’autres travaux portent sur la mémoire B à très long terme dirigée contre la variole[4], ou sur un vecteur viral recombinant (rAAV) ciblant la peau pour induire des lymphocytes T CD8 à mémoire résidente[8]. Ces études décrivent en détail la formation des centres germinatifs, l’hypermutation somatique et la réactivité croisée entre bêtacoronavirus, offrant une lecture fine de la qualité et de la durabilité de l’immunité protectrice.
Le second ensemble porte sur les infections respiratoires dans la mucoviscidose. Inovarion a contribué à l’identification des facteurs de risque d’acquisition et de colonisation chronique des voies aériennes par Pseudomonas aeruginosa (dont l’installation marque un tournant pronostique de la maladie)[3], à une étude d’association pangénomique (GWAS) de la susceptibilité à cette infection[1], et à l’analyse de l’influence saisonnière et climatique sur les infections respiratoires, en tenant compte de l’écologie microbienne des voies aériennes (Staphylococcus aureus, Aspergillus, Achromobacter)[2]. S’y ajoute un travail de bactériologie translationnelle sur la souche d’Escherichia coli adhérente et invasive associée à la maladie de Crohn, et sur sa tolérance aux antibiotiques au sein des macrophages. Une lignée de cellules souches pluripotentes induites a par ailleurs été générée à partir d’un patient porteur d’une mutation du gène STING, modèle d’une vasculopathie auto-inflammatoire médiée par l’interféron de type I[7].
Ces recherches mobilisent le séquençage de cellules uniques (single-cell RNA-seq), l’analyse du répertoire des anticorps, les tests de neutralisation virale et l’interférométrie en biocouche, les études d’association pangénomique et la randomisation mendélienne, ainsi que des modèles épidémiologiques (modèles de Cox, courbes de Kaplan-Meier). Ces travaux ont paru dans des revues telles que Cell, Immunity, European Respiratory Journal et le Journal of Cystic Fibrosis.
Immunologie de l’infection, génétique de la susceptibilité, modélisation épidémiologique : Inovarion met cette expertise au service de ses partenaires, du laboratoire à la cohorte clinique.
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Publications représentatives
- Lin et al. Genome-wide association study of susceptibility to Pseudomonas aeruginosa infection in cystic fibrosis. Eur Respir J, 2024. Fiche → · PubMed
- Mésinèle et al. Seasonal and climatic influence on respiratory infections in children with cystic fibrosis. Scientific Reports, 2024. Fiche → · PubMed
- Mésinèle et al. Airway infections as a risk factor for Pseudomonas aeruginosa acquisition and chronic colonisation in children with cystic fibrosis. J Cyst Fibros, 2023. Fiche → · PubMed
- Chappert et al. Human anti-smallpox long-lived memory B cells are defined by dynamic interactions in the splenic niche and long-lasting germinal center imprinting. Immunity, 2022. Fiche → · PubMed
- Sokal et al. mRNA vaccination of naive and COVID-19-recovered individuals elicits potent memory B cells that recognize SARS-CoV-2 variants. Immunity, 2021. Fiche → · PubMed
- Sokal et al. Maturation and persistence of the anti-SARS-CoV-2 memory B cell response. Cell, 2021. Fiche → · PubMed
- Barnabei et al. Generation of an iPSC line (IMAGINi011-A) from a patient carrying a STING mutation. Stem Cell Res, 2021. Fiche → · PubMed
- Gross et al. Cross-Presentation of Skin-Targeted Recombinant Adeno-associated Virus 2/1 Transgene Induces Potent Resident Memory CD8(+) T Cell Responses. J Virol, 2019. Fiche → · PubMed