Ces guides traitent des méthodes ou des sujets dans leur ensemble : leur principe, ce qu’ils mesurent réellement, ce qu’ils permettent de conclure et ce qu’ils ne permettent pas. Ils s’adressent à qui doit choisir une approche, ou comprendre ce qu’un résultat obtenu par cette approche vaut exactement.
Chacun se referme sur les limites de la méthode et sur les publications qui l’étayent. Pour la plupart, il s’agit de travaux auxquels Inovarion a contribué.
Pour les questions plus resserrées — comment concevoir un panel, comment préparer un échantillon — voir les notes de méthode.
Lire le transcriptome et les couches moléculaires
- scRNA-seq vs RNA-seq bulk : comment choisir — ce que l’on gagne et ce que l’on perd en passant de la moyenne d’un échantillon au profil de chaque cellule.
- Transcriptomique spatiale : principe, limites et applications en neuro-inflammation et myosite — mesurer l’expression sans effacer la géographie du tissu, et ce que la résolution autorise.
- Cartographier la chromatine : du ChIP-seq au CUT&Tag — localiser une marque sur le génome, et le déplacement en cours vers les nucléases guidées.
- Métabolomique — la couche la plus proche du phénotype, et le goulot d’étranglement de l’identification.
- Intégration multi-omique — ce que révèlent les désaccords entre couches, et comment distinguer une découverte d’un artefact.
Caractériser un contexte biologique
- Caractériser le microenvironnement immunitaire tumoral — pourquoi l’organisation spatiale de l’infiltrat porte une information que l’abondance seule ne donne pas.
- Mémoire lymphocytaire B et réponse vaccinale : apport du single-cell — ce que la qualité de la mémoire dit de la protection, au-delà du titre d’anticorps.
- Pathologie numérique et analyse d’image quantitative — transformer une appréciation visuelle en mesure reproductible, et ce que cela change autour d’un seuil.
Modéliser, perturber, construire
- Modèles murins humanisés et modèles précliniques in vivo : panorama — quel modèle répond à quelle question, et au prix de quelle simplification.
- Modèles cellulaires dérivés d’iPSC : principe, apports et limites — du matériel humain porteur de la mutation du patient, et l’intérêt du contrôle isogénique.
- Cribles CRISPR-Cas9 : principes, stratégies et applications — interroger des milliers de gènes par la perturbation, et ce qu’un « hit » établit vraiment.
- Biologie synthétique — construire l’objet qui rend la question mesurable, et pourquoi la modularité n’est pas acquise.
Concevoir un candidat
- Anticorps à domaine unique (VHH) en hémostase : recherche, diagnostic, thérapie — ce que la petite taille rend possible, de l’outil de recherche au candidat thérapeutique.
à jour en juillet 2026